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nmrXiv

Offene, FAIR- und konsensgesteuerte NMR-Spektroskopie-Datenablage und -Analyseplattform

Schnelle Fakten

Allgemeine Angaben​

nmrXiv (sprich: nm-archive) ist ein FAIRes und offenes, konsensorientiertes Repositorium für magnetische Kernspinresonanz-Daten (NMR) und eine Plattform für Berechnungen. Es wird derzeit mit dem Ziel entwickelt, die Koordination und den Datenaustausch zwischen Forschenden zu beschleunigen, indem eine Plattform für die Verwaltung, den Austausch und die Analyse von rohen und verarbeiteten NMR-Spektraldaten geschaffen wird.

Das unmittelbare Ziel von nmrXiv ist die Integration und Umsetzung der folgenden Ziele durch die Etablierung von nmrXiv als konsensgesteuerte Ressource, die der globalen Chemieforschung und den angrenzenden Naturstoff- und Metabolomik-Communities dienen soll.

Software-Entwicklung​

Entwicklung von nmrXiv auf der Grundlage einer freiwilligen FAIRen, cloudbasierten Infrastruktur, die frei geteilten Quellcode und Bereitstellungsmethoden verwendet. Anwendung branchenüblicher Entwicklungspraktiken zur Gewährleistung der Zuverlässigkeit, Sicherheit und Effizienz der Plattform. Die Anwendung der Prinzipien der kontinuierlichen Verbesserung gewährleistet eine stets aktuelle Benutzererfahrung und hohe Zuverlässigkeit. Veröffentlichen Sie die Codebasis und die Details der Infrastruktur (einschließlich der Entwicklung, Dokumentation und Nutzungspraktiken) unter der MIT Open-Source-Lizenz für Offenheit.

Weitere Einzelheiten über die Plattformarchitektur und verwandte Themen - hier!

Einreichung, Kuratierung und Analyse​

Ermöglicht den FAIRen Austausch von NMR-Rohdaten, um die Qualität der chemischen Forschung und Verbreitung von Wissen in Form von Daten zu verbessern. Außerdem sollen nicht frei Kurations- und Analysestandards für Daten und Metadaten entwickelt werden. Entwicklung von Standards mit Hilfe von Beiträgen aus der Gemeinschaft und deren Kompatibilität mit bestehenden und potenziell neu entwickelten Formaten und Konzepten.

Weitere Einzelheiten zu den Datenstandards und verwandten Themen - hier!

Workshops und Training​

Einbindung von Forschenden der analytischen Chemie und angrenzenden Communities durch Webinare, Workshops, Tutorials und Community Calls, um sicherzustellen, dass nmrXiv die Bedürfnisse der Forschenden erfüllt und angemessene Anreizmechanismen für Datenbeiträge und -kuratierung implementiert.

Diese Dokumentationsseite enthält detaillierte Erläuterungen von grundlegenden bis hin zu komplexeren Funktionalitäten für Entwickelnde (Developer Guides), Einreichende (Submission Guides) und Nutzerinnen und Nutzer (Search and API) von nmrXiv. Alle übernommenen Kernkonzepte wie Datenschemata, NMR-Dateiformate, Werkzeuge und Konverter, Ontologien, FAIR-Best-Practices usw. sind dokumentiert, um ein klares Gerüst für Entwicklerinnen und Entwickler zu gewährleisten, die auf bereits entwickelte Teile zurückgreifen, um darauf aufbauen können. Dieser Ansatz, bei dem die Dokumentation im Vordergrund steht, ermöglicht es Entwickelnden und Anwenderinnen und Anwendern, vorgeschlagene Funktionen zu diskutieren und sicherzustellen, dass die Implementierungen den tatsächlichen Anwendungsfällen entsprechen.

Hauptbeitragende: ORCID:0000-0002-2564-3243, ORCID:0009-0001-5998-5030