Zum Hauptinhalt springen

MassBank EU

Eine hochqualitative Massenspektrometrie-Referenzdatenbank

Schnelle Fakten

MassBank EU ist ein fachspezifisches und das erste öffentliche Repositorium für Referenzspektren der Massenspektrometrie. Ihre Zielgruppen in den Bereichen Chemie und Biowissenschaften sind analytische Chemiker, Metabolomiker, Biochemiker und Bioinformatiker. Die Datensätze von Nutzern und Projekten der Community sind offen zugänglich und stellen die offizielle Datenbank der Mass Spectroscopy Society of Japan dar.

GitHub wird als aktuelle AAI-Umgebung verwendet (offener Lesezugriff, eingeschränkter Schreibzugriff), während GitHub-Issues als Kurationsverfolgungsystem dient. Die Kuratierung selbst wird vom MassBank record validator durchgeführt. Die Datensätze können nach Verbindungen, Massenspektrometriedaten und Peaks durchsucht werden**. MassBank Record ID (Signatur) und USI (Universal Spectrum Identifier) werden als Identifikatoren verwendet. Die spektrometrischen Daten der MassBank EU werden in einem Versionsverwaltungssystem (GitHub) gehostet, in dem alle spektrometrischen Daten und die entsprechenden Metadaten in einem menschenlesbaren Datensatzformat vorliegen und die kontinuierliche Integration (CI) die Integrität der Datensätze bei jeder Änderung überprüft und validiert. Instanzen des Webinterfaces werden am Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung (UFZ, Leipzig) und am Leibniz-Institut für Pflanzenbiochemie (IPB, Halle) gehostet und können auch lokal installiert werden. Es werden Schnittstellen für den Datenimport über GitHub (MassBank Record Format) und für den Datenexport (JSON-LD) sowie eine REST-API angeboten. Darüber hinaus wird RMassBank als separates Datenverarbeitungs- und Analysetool bereitgestellt.

Hauptbeitragende: ORCID:0000-0002-7899-7192, ORCID:0000-0001-7696-7662, ORCID:0000-0003-4480-8661 and ORCID:0000-0002-5035-7978